Simulation von Struktur und Strukturregulation von Chromatin / vorgelegt von Martin Gero Wedemann. 1999
Inhalt
- Abstract
- Inhaltsverzeichnis
- Vorwort
- Kapitel 1 Biologische Grundlagen
- Kapitel 2 Physikalische Grundlagen
- 2.1 Grundlagen der Polymerphysik
- 2.2 Flüssigkristalle
- 2.3 Monte Carlo{Verfahren
- 2.3.1 Mastergleichung
- 2.3.2 Simple Sampling
- 2.3.3 Importance Sampling |Metropolis Algorithmus
- Kapitel 3 Modell für DNA und Chromatin
- 3.1 Diskretisierung
- 3.2 Wechselwirkungen
- 3.3 Monte Carlo{Schritte
- 3.4 Parametrisierung der Wechselwirkungs- potentiale
- Kapitel 4 Aufbau und Veri kation des Rechen{ und Auswerteprogrammpackets
- 4.1 Überblick objektorientierte Programmie- rung
- 4.2 Programmstruktur
- 4.3 Einheitensystem
- 4.4 Zufallszahlengenerator
- 4.5 Parallelisierung
- 4.6 Verifikation
- Kapitel 5 Algorithmen zur Auswertung
- 5.1 Konturl•ange und Massenbelegungsdichte
- 5.2 Durchmesser der Fiber
- 5.3 Neigung der Nukleosomen und der DNA zur Fiberachse
- 5.4 Persistenzlänge
- 5.5 Visualisierung
- Kapitel 6 Ergebnisse
- 6.1 Ankopplung der Verbindungs{DNA am Nukleosomen{Stamm
- 6.1.1 Korrelation der simulierten Daten
- 6.1.2 Anzahl der Simulationschritte
- 6.1.3 Öffnungswinkel Linker{DNA
- 6.1.4 Verdrehungswinkel zwischen Nukleosomen
- 6.1.5 Relaxierung aus gestrecktem Zustand
- 6.1.6 Einfluß der Stärke der internukleosomalen Wechselwirkung
- 6.1.7 Einfluß der Salzkonzentration
- 6.1.8 Persistenzlänge
- 6.1.9 Internukleosomaler Abstand
- 6.1.10 Einfuß der Länge der Linker{DNA
- 6.2 Ankopplung der Verbindungs-DNA am Core-Zylinder
- Kapitel 7 Diskussion und Zusammenfassung
- Ausblick
- Anhang A Momente höherer Ordnung der idealen Zufallskette
- Anhang B Formale Programmstruktur
- Abbildungsverzeichnis
- Tabellenverzeichnis
- Literaturverzeichnis